Pura Sakenan ini dibangun oleh Mpu Kuturan pada abad ke-10 Masehi (sekitar 1005 M). Mpu Kuturan tiba di Bali pada tahun 1001 M dalam rangka menata-ulang aspek sosial-religius masyarakat Bali. Prabhu Udayana dan Empu Kuturan merupakan penganut ajaran Buddha Mahayana Sakyamuni. Pada masa pemerintahan Sri Dalem Ktut Ngulasir dari Kerajaan Gelgel, rakyat Serangan diperintahkan untuk membuat pemujaan Bhatara di tempat yang sebelumnya disucikan Empu Kuturan dan menamainya Parahyangan Dalem Sakenan. Singkat Cerita Ketika Danghyang Nirartha mengadakan perjalanan keliling Bali mengunjungi tempat-tempat Suci, dalam Dwijendra Tattwa, sesudah Danghyang Nirartha menyucikan diri di Bukit Payung, lalu Beliau meneruskan perjalanan dengan menyusur pantai laut yang sangat indah dan memesonakan menuju arah utara.
Pantai yang dilalui cukup permai dengan pasirnya yang memutih memberikan keindahan alam yang mempesona, ditambah lagi dengan hembusnya angin dan lautan yang dapat menyegarkan jasmani Beliau." Lalu disebutkan lagi, "Dalam perjalanannya ini kemudian Beliau menjumpai dua buah Pulau kecil yaitu Nusa Dua. Di Pulau ini Danghyang Nirartha lagi beristirahat untuk melepaskan lelah, dan di sinilah Beliau menyusun sajak atau kakawin Anjangsana Nirartha. Setelah selesai mencatat dan menyusun segala sesuatu yang berkaitan dengan sajak ini, Danghyang Nirartha lagi melanjutkan perjalanan menuju arah utara." Tak dikisahkan bagaimana halnya di dalam perjalanannya, sampailah Danghyang Nirartha di suatu Pulau kecil yaitu Pulau Serangan. Pada pantai bagian barat Pulau Serangan, Danghyang Nirartha beristirahat sambil mengagumi keindahan alam sekitarnya. Di tempat itu Beliau merasakan dan menyaksikan perpaduan harmonis antara daratan Pulau Serangan dengan laut yang mengelilinginya. Karenanya, Danghyang Nirartha berketetapan hati dan memutuskan untuk tinggal dan bermalam beberapa hari di sana.
Akhirnya, di situlah Danghyang Nirartha membangun palinggih (bangunan Suci) di Pura atau Kahyangan Sakenan. Sakenan berasal dan kata Sakya yang berarti dapat langsung menyatukan pikiran (Beryoga), Sakya tersebut Berasal dari kata Sakyamuni yaitu nama asli dari Siddhartha Gautama. Pura Sakenan awalnya hanya berbentuk sebuah batu bersinar yang ditemukan oleh Danghyang Astapaka ketika melakukan perjalanan ke Bali pada tahun 1530 masehi. Akhirnya di tempat tersebut dibangun Pura oleh Danghyang Astapaka selanjutnya Pedanda Sakti Wawu Danghyang Nirartha melihat Pura itu dan menyempurnakannya dengan melakukan upacara Pura tersebut kemudian dinamakan Pura Sakenan. Pujawali atau Piodalan di Pura Sakenan jatuh pada setiap 210 hari, pada Sabtu Kliwon, Wuku Kuningan, bertepatan dengan hari raya Kuningan.